2018年1月，台州市人民政府与南方科技大学签订了《台州市人民政府南方科技大学共建南科大台州研究院（台州工业技术研究院）合作协议》（以下简称《第一轮合作协议》），为南方科技大学台州研究院（台州工业技术研究院）（以下简称研究院）在台州落户和发展奠定了坚实的基础。

研究院于2018年7月注册成立，是台州市人民政府和南方科技大学共同发起成立的事业单位。自成立以来，在双方的共同领导和支持下，研究院积极整合优势资源和高端人才，在科技创新、成果转化、高层次人才引育、企业孵化等方面取得一定突破，助力台州产业结构优化升级，为台州经济高质量发展作出了积极贡献。

在第一个建设周期（2018年—2023年）结束后，台州市人民政府与南方科技大学为进一步加深多层面合作，推动校地合作共赢，经友好协商，就研究院下一个建设周期（2024年—2028年）的相关事宜达成共识，在2024年10月签订了《台州市人民政府南方科技大学共建南方科技大学台州研究院合作协议》（以下简称《第二轮合作协议》），为研究院在下一轮建设周期中的高质量发展铺平了道路。